Ao transmitir a nota apenas a raiz do CNPJ é analisada pela SEFAZ.
Desta forma, no caso de matriz e filiais, como a raiz do CNPJ é a mesma, é possível usar uma única conta.
Porém, sugerimos que confirme seu contador se essa regra se aplica para a sua empresa.
Caso haja a necessidade de uma separação das notas, é necessário ter outra conta do sistema.